Az SZFI-ben jelenleg 16 kutatócsoport - köztük 3 Lendület kutatócsoport - működik:
Erősen korrelált rendszerek (Lendület kutatócsoport)
Komplex rendszerek
Hosszú távú rend komplex rendszerekben
Félvezető nanoszerkezetek
Nem-egyensúlyi ötvözetek kutatása
Szerkezetkutató laboratórium
Részben rendezett rendszerek
Elektromos gázkisülések
Folyadékszerkezet
Lézeralkalmazások és optikai méréstechnika
Femtoszekundumos lézerek a nemlineáris mikroszkópiában
Ultragyors és Attoszekundumos Fizika (Lendület kutatócsoport)
Kristályfizika
Nanoszerkezetek és alkalmazott spektroszkópia
Kvantumoptika (Lendület kutatócsoport)
Kvantuminformatika és a kvantummechanika alapjai